（一）办公室。负责机关日常运转，承担文电、信息、宣传、安全、机要、档案、信访、政务公开、行政后勤等工作；负责重要会议和活动的组织安排并督办落实；负责重要文件、综合性文稿起草和重大课题综合调研工作；负责机关财务管理、资产管理和内部审计工作。负责机关及所属事业单位的干部人事、机构编制、劳动工资、教育培训等工作；负责机关及所属事业单位人才队伍建设，指导所属事业单位的专业技术职务评聘工作；负责干部档案管理工作；负责机关及所属事业单位出国（境）人员审核报批工作；负责离退休干部工作。
（二）政策法规科。负责规范性文件的制定、审查，并对实施情况进行监督检查；牵头依法行政和法治建设工作；组织开展行政审批执法监督工作，负责有关行政许可决定的审核，牵头组织行政许可决定撤销工作；承担听证、行政复议、行政应诉等工作；负责相关业务法律法规的宣传、执法人员培训和管理工作；承担行政权力清单的编制和调整工作；牵头负责本局下放权力事项业务指导工作。
（三）行政审批制度改革科。负责研究提出全市“放管服”改革工作的政策措施，提出取消下放行政许可事项的意见；负责清理规范涉审中介服务、优化行政审批流程、推进“不见面审批（服务）”改革和“3550”改革工作，参与“证照分离”改革；承担市政府推进职能转变和“放管服”改革协调小组办公室、市行政审批制度改革工作领导小组办公室的日常工作。
（四）政务服务科。负责政务服务综合协调、日常运行管理规范制定及业务指导工作，协助推进相关改革工作；负责政务服务体系建设，协调指导镇（园区、街道）、村（社区）政务服务工作；负责对市各镇（园区、街道）为民服务中心的日常巡查、考核工作。负责政务服务综合标准化建设工作的推进实施；负责编制、实施政务服务综合标准化建设工作的总体目标、中长期规划和行动计划；负责编制、贯彻和完善政务服务综合标准体系，并对政务服务标准体系的运行情况进行督查考核；负责开展相关标准的基础性研究；负责行政审批、政务服务相关规范标准的宣传和培训工作。
（五）业务指导科。承担局行政审批制度改革的组织协调工作，研究提出局深化行政审批制度改革的措施及建议，对工作绩效进行检查评估；负责行政审批“三集中、三到位”工作的推进，对政务服务事项线上、线下运行进行指导、协调、监督、管理；负责牵头建设项目全流程高效审批；指导协调审批业务的流程再造、联合办理、跟踪服务；参与对实施行政审批涉及的中介服务行为进行监督；负责政务服务业务数据统计分析工作；负责重大项目、重点工程审批事项的任务分解；指导、管理和协调全市政务服务代办帮办工作。
（六）市场准入科。负责全市各类市场主体登记注册工作；负责南通委托事项的承办工作，负责食品经营许可，承担限额以上或特殊行业外商投资企业设立、变更、解散、终止的审核转报，承担限额以下外商投资企业设立、变更、解散、终止审批的审核办理；负责业务相关审批事项的现场核查和验收工作；负责与业务关联部门的衔接、沟通、协调等工作。
（七）综合审批科。负责户外广告设置、电影放映单位设立、举办健身气功活动、设立健身气功活动站点的审批；负责民办学校的设立、分立、合并变更、终止审批；负责互联网上网服务营业场所经营单位申请从事互联网上网服务经营活动、举办内地营业演出活动、内资娱乐场所申请从事娱乐场所经营活动、出版物零售单位设立变更、经营高危险性体育项目、烟花爆竹零售经营、危险化学品经营的许可；负责粮食收购资格认定；负责储存烟花爆竹及金属冶炼的建设项目安全设施设计审查；负责生产、经营易制毒化学品备案；负责撤销以欺骗等不正当手段取得的娱乐经营许可证。负责组织业务相关的联合踏勘、联合竣工验收等工作；负责与业务关联部门的衔接、沟通、协调等工作；负责业务相关专家库的建立与管理工作；协助业务相关中介服务机构的管理工作。
（八）投资管理科。负责权限内的政府投资项目审批与企业投资项目核准、备案；负责权限内建设项目环境影响评价文件审批和环境保护设施竣工验收、市区夜间建筑施工许可；负责固定资产投资项目节能评估和审查；负责建设项目用地预审；承办划拨使用国有土地审查；负责做好综合咨询和预审服务推进工作；负责业务相关审批平台应用推进工作；负责业务相关审批事项的现场核查和验收工作；负责与业务关联部门的衔接、沟通、协调等工作；负责业务相关专家库的建立与管理工作；协助业务相关中介服务机构的管理工作。
（九）工程建设科。负责城市建筑垃圾处置核准，城市建筑垃圾处置费的征收，建设用地规划许可证的核发，建设工程规划类许可证核发，建设项目选址意见书的核发，乡村建设工程规划许可证的核发，规划条件和规划许可内容的核实，建筑工程施工许可证的发放，商品房预售许可，建设工程抗震设计审查，城镇污水排入排水管网许可证核发，商品房现售备案，房屋建筑和市政基础设施工程竣工验收的备案，城市排水方案审批，城镇排水与污水处理设施建设工程竣工验收情况备案，城市绿化工程设计方案审批，绿化工程竣工验收备案，人民防空工程竣工验收备案，改造人民防空工程审批，城市地下空间开发利用兼顾人民防空要求的审批，城市及城市规划区内新建民用建筑建设防空地下室审批，城市及城市规划区内新建民用建筑确因地质等条件限制不能修建防空地下室审批，人防工程平时使用（开发利用）审批，房地产开发企业设立备案，房地产开发企业资质的核准初审，建筑业企业资质的核准初审；牵头负责商业房产配套项目竣工联合验收工作；负责业务相关审批事项的现场核查和验收工作；负责与业务关联部门的衔接、沟通、协调等工作；协助业务相关中介服务机构的管理工作。
（十）公共资源交易管理科。拟订公共资源交易管理制度，编制公共资源交易目录，经批准后组织实施；制定实施公共资源交易管理相关细则和交易规则；负责对进入市公共资源交易平台的交易活动进行现场监管，对本市交易平台服务情况进行考核评价；负责公共资源交易活动相关投诉的协调指导和转办督办；牵头法律、法规、规章尚未明确监管部门的市级公共资源进场交易事项的监管；协调督促行业监管部门依法履行监管职责；管理评标（审）专家和招标（采购）代理机构，指导全市公共资源交易管理工作。
（十一）信息科。负责全市一体化在线政务服务平台、“互联网+监管”平台的建设管理；负责拟订全市政务服务信息化建设发展规划、年度工作计划及实施方案；开展全市政务服务“一张网”建设工作技术指导、业务培训等工作；组织信息化项目的实施；负责管理考核信息化运维团队；规划统筹所属事业单位信息化建设；协调市级相关部门对接政务服务信息化系统；指导镇（园区、街道）政务服务信息化工作。
（十二）督查科。负责市政务服务大厅日常管理工作，负责对各进驻部门、单位的政务服务行为进行监督检查，对窗口工作人员进行日常管理、教育培训和监督考核；承担政务服务大厅服务投诉受理、调查和处置工作；承担审批服务群众满意度测评、群众意见建议反馈和测评结果运用工作；会同有关科室推进政务服务综合标准化建设和宣贯工作。组织开展党风廉政建设和反腐败工作，负责全面从严治党两个责任工作的落实和考核；做好全局廉政风险点的防控监督检查；负责综合绩效考核管理工作。
机关党总支。负责机关及所属事业单位党的建设工作。